Des commissions et des comités spécifiques sont créés sur décision du Conseil international, de manière temporaire ou illimitée, afin de répondre aux objectifs d’OPTIMA. Actuellement, les commissions et comités suivants sont ouverts et actifs:
Commission et comités d’OPTIMA:
- Commission des Bryophytes
- Commission des noms communs
- Commission sur la recherche ADN
- Commission pour la conservation des plantes économiquement importantes et des endémiques
- Commission pour la diffusion des connaissances sur les plantes de la méditerranée
- Commission des champignons
- Commission Itinera Mediterranea
- Commission de lichens
- Commission de materiele type mediterraneenne
- Commission de l'herbarium et de la bibliothèque de l'OPTIMA
- Commission de caryosystematique
- Ethnobotanique méditerranéenne
- Commission des pix
- Web Commission